微生物安全与健康科学大数据库
在数据库〖首页,将展示总库收录数据汇总信息和各个分库的介绍,并提供各分库的跳转入口。
图1.数据库首⌒ 页模板。
二、风险识别数据库
风险识别数据库收录并按照地理地区展示常见食源性病原微生物的风险调查数据。用户可以通过首字母搜索特定区域、食品类型、微生物物种等信息,并查看对应的风险识别数据。
图2.风险识别数据库模板。
三、微生物资源数据库
微生物资源数据库收录了从各种食品样品和环境样本中分离出的不同微生物物种的菌种数据。目前主要包括:大肠杆菌、李斯特菌、副溶血弧菌、金葡萄球菌、银葡萄球菌、沙门氏菌、蜡样芽孢杆菌、弯曲杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌和阪崎克罗诺杆菌等。
图3.微生物资源数据库模板。
以大肠杆菌为例,将々展示标准株信息,包括:菌株类型,菌株名称、编号、鉴定信息等。
图4.大肠杆菌菌种信息示例。
四、微生物组学数据库
微生物组学数据库收录了多种常见的食源性病原微生物基因组■序列数据以及相关的转录组、蛋白组和代谢通路数据。数据库提供包括直接检索、基于blast的序列检索、地图展示微生物信息、病原微生物分型和基因组数据提交等功能。
图5. 微生物组学数据库模板。
五、微生物靶标数据库
微生物靶标数据库将提供本团队基于大规模比较基因组学分析和验证得到的微生物物种特异性和血清型特异性分子检测靶标。包括各种主要的致病菌和益生菌等
图6. 微生物靶标数据库模板。
以大肠杆菌为例,在微生物靶标数据库▼中,可以查看属名、种名、基因型、血清型、靶序列、扩增引物等信息。
图7.大肠杆菌检测靶标数据信息。
六、致病微生物溯㊣源系统
致病微生物溯源系统拟利用目标致病微生物的二代高通量测序数据,基于核心基因组SNP的方法追踪致病微生物的潜在来源。该系统包括二代高通量测序数据组装、注释、耐药基因与毒力因子分析、MLST分型、系统发育分析等步骤,并与后台的微生物全基因组数据库比对进行溯源分析,生成结果分析报告。
图8.致病微生物溯源系统数据提交界面。
图9.致病微生物溯源报告展示。
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